中文核心期刊《科学学与科学技术管理》杂志2006年第1期刊登了中国管理科学研究院科学学研究所武书连、吕嘉、郭石林的《2006中国大学评价》。清华大学以267.55分名列第一名，北京大学、浙江大学分别以226.61分、208.03分获得第二、第三名。清华、北大、浙大已经连续7年蝉联中国大学三甲。进入前10名的大学依次还有：上海交通大学、复旦大学、南京大学、华中科技大学、武汉大学、吉林大学、中山大学。
《中国大学评价》课题组还评出了15所2006年中国一流大学。附名单：
以武书连为组长的《中国大学评价》课题组还评出了36所2006年中国研究型大学。
北京市8所：清华大学、北京大学、北京师范大学、中国协和医科大学、北京航空航天大学、中国人民大学、中国农业大学、北京理工大学。
上海市5所：上海交通大学、复旦大学、同济大学、华东师范大学、华东理工大学。
天津市2所：天津大学、南开大学。
重庆市1所：重庆大学。
辽宁省2所：大连理工大学、东北大学。
吉林省1所：吉林大学。
黑龙江省1所：哈尔滨工业大学。
江苏省2所：南京大学、东南大学。
浙江省1所：浙江大学。
安徽省1所：中国科学技术大学。
福建省1所：厦门大学。
山东省1所：山东大学。
湖北省3所：华中科技大学、武汉大学、中国地质大学（含北京部分）。
湖南省1所：中南大学。
广东省2所：中山大学、华南理工大学。
四川省1所：四川大学。
陕西省2所：西安交通大学、西北工业大学。
甘肃省1所：兰州大学。
《中国大学评价》课题组认为：研究型大学是中国科研实力最强的大学，2006年的36所研究型大学占被评价的605所普通本科大学总数的5.95%，科研成果占605所普通高校科研成果的61.80%，博士生导师数量占全国普通高校总数的55.25%，其中理科博导占 55.83%，文科博导占53.42%，培养的博士生占全国普通高校总数的64.06%，硕士生占40.40%，本科生占10.41%。
